Az Európai Emberjogi Bíróság szeptember 25-én döntést hozott, amelyben megállapítja, hogy Románia megszegte a tulajdonhoz való jogot, sérültek az Emberi Jogok Európai Nyilatkozatához csatolt 1-es számú protokollumban foglalt, magántulajdonhoz fűződő jogok. Mindezért 15 ezer euró erkölcsi jóvátétel, illetve tízezer euró perköltség kifizetésére kötelezik a román államot, amiért még mindig nem szolgáltatta vissza a Gyulafehérvári Főegyházmegyének a Batthyaneum könyvtárat és az épületben működő csillagvizsgálót. A bíróság honlapján olvasható ítélet szerint a román állam az Emberi Jogok Európai Egyezményének a tulajdon védelmére vonatkozó előírásait szegte meg azzal, hogy 14 év óta nem értesítette az egyházat arról, hogy milyen döntést hozott a Batthyaneum visszaszolgáltatása ügyében. A strasbourgi ítélet szerint ez annál inkább megmagyarázhatatlan, mivel egy igen jelentős történelmi és kulturális értéket képviselő épületről van szó.
A bíróság azt is megemlítette, a főegyházmegye 1798-ban adományként kapta a Batthyaneum könyvtárat és az abban működő csillagvizsgálót.
Az 1947-es államosításig az egyház volt az egyedüli tulajdonos. A bíróság tekintettel volt arra az 1998-as sürgősségi kormányrendeletre, amelyben a román állam a Batthyaneum épületét is visszaszolgáltatta a római katolikus egyháznak. A visszaszolgáltatásra azonban nem került sor, mert a PSD Fehér megyei szervezete peres úton megakadályozta azt. A gyulafehérvári táblabíróság 2003 októberében jogerős ítéletben utasította el az érsekség visszaszolgáltatási kérelmét.
A strasbourgi székhelyű bíróság most arra kötelezte a román államot, hogy 15 ezer euró kárpótlást és a 10 ezer euró perköltséget fizesse ki a gyulafehérvári főegyházmegyének.
Komáromi Attila, a főegyházmegye jogásza a döntést úgy magyarázta, hogy az emberjogi bíróság kifogásolta az 1998-ban elindított visszaszolgáltatási folyamat félbeszakadását. A restitúciós sürgősségi kormányrendelet még csak a könyvtárnak otthont adó ingatlanról szólt, ezt követően a román állam 2002-ben törvényben rögzítette a restitúció kereteit, és a törvény immár az ingatlanokkal együtt államosított ingóságok visszaszolgáltatásáról is szól. A Batthyaneum esetében a könyvtárban őrzött kódexek, ősnyomtatványok felbecsülhetetlen értékűek. Ezek egyikét, a 810-ből származó Codex Aureust 25 millió dollárra biztosították, amikor 2002-ben rövid időre Németországba, kiállításra szállították.
Potyó Ferenc irodaigazgató és érseki helynök szerint az egyház nem mond le a Batthyaneum tulajdonjogáról, igaz, azt többször is felajánlották, hogy megosztják a gyűjtemény felügyeletét az állammal. A helynök szerint sajnálatos, hogy a Batthyaneum máig nem látogatható: az érsekség képviselői, maga az érsek is csak előzetesen megkért bukaresti engedéllyel léphetnek az épületbe.
Egy RMDSZ-közleményben Kelemen Hunor szövetségi elnök üdvözölte az Európai Emberjogi Bíróság döntését. 1998-ban született meg az a 13-as számú kormányrendelet, amely az első olyan romániai jogszabály volt, amelyben erdélyi magyar ingatlanok visszaszolgáltatása szerepelt. Az akkori, Victor Ciorbea által vezetett parasztpárti kormányban Tokay György kisebbségügyi miniszter kezdeményezte a kormányrendeletet, amelyet az RMDSZ és az erdélyi magyar történelmi egyházak közötti egyeztetés előzött meg. A 13-as számú kormányrendeletben összesen 17 ingatlan, ebből nyolc magyar érdekeltségű visszaszolgáltatását tüntették fel. A bukaresti Petőfi Ház, a temesvári Magyar Ház, a kolozsvári Erdélyi Múzeum-Egyesület székháza, a gyulafehérvári Batthyaneum, a nagyváradi római katolikus és református püspöki paloták, a brassói evangélikus ház, valamint a kolozsvári unitárius nyugdíjpénztár székhelye szerepelt az RMDSZ által kezdeményezett kormányhatározatban. 1998-ban az ingatlan-visszaszolgáltatási bizottságban Markó Attila helyettes államtitkár, Silviu Clim, az Igazságügyi Minisztérium jogtanácsosa és az egyházak jogi képviselői rendelkeztek a restitúcióról.
